Liste der Veröffentlichungen

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Aktuelle Arbeiten

Meine aktuellen Arbeiten konzentrieren sich hauptsächlich auf die automatische Analyse und Interpretation von biomedizinischen Bilddaten, d.h. insbesondere von 2D- und 3D-Mikroskopbildern. Schwerpunktmäßig geht es dabei gerade um eine Analyse von Formmerkmalen von Pflanzenzellen sowie um die automatische Quantifizierung subzellulärer Strukturen. Des Weiteren entwickeln wir mit rhizoTrak gerade ein Fiji-Plugin zur manuellen Annotation von Minirhizotronbildern, das perspektivisch auch um Methoden zur automatischen Segmentierung der Bilder erweitert werden soll.

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rhizoTrak

rhizoTrak ist ein Softwaretool zur komfortablen, manuellen Annotation von Wurzelbildern. Es ist insbesondere darauf ausgelegt, Zeitserien dieser Bilder, wie sie beispielsweise mit Hilfe der Minirhizotrontechnik aufgenommen werden, effizient handhaben und benutzerfreundlich annotieren zu können.

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CytoskeletonAnalyzer2D

Das Tool dient zur Quantifizierung von strukturellen Ähnlichkeiten und Unterschieden im Cytoskelett, d.h. in der Organisation von Aktin- oder Mikrotubulistrukturen, von Zellen.

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PaCeQuant

A Tool for High-Throughput Quantification of Pavement Cell Shape Characteristics

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MiToBo Cell Counter

An ImageJ/Fiji plugin for semi-automatic labeling and counting of spot-like structures and small cells in images. The plugin is based on the popular ImageJ CellCounter    plugin by Kurt De Vos and extends its functionality towards improved usability and integration of automatic segmentation algorithms.

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MiToBo

A microscope image analysis toolbox

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Alida

Advanced Library for Integrated Development of Data Analysis Applications

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